Fiat Ducato kullanıcılarının karşılaştığı en büyük zorluklardan biri, aracın emisyon kontrol sistemlerinden kaynaklanan sürekli arızalar ve buna bağlı performans kayıplarıdır. Özellikle MD1CS069 ECU beyinli Ducato modellerinde, AdBlue (SCR) ve DPF (Dizel Partikül Filtresi) sistemleri zamanla arıza vermeye yatkın hale gelir. AdBlue sıvısının donması, düşük kaliteli üre kullanımı, pompa ve enjektör sorunları, hassas NOx sensörlerinin bozulması ya da DPF’nin rejenerasyonu tamamlayamayıp tıkanması gibi problemler sürücüler için büyük masraflar doğurur. Araç bu tür durumlarda arıza moduna geçer, motor gücü düşer, yakıt tüketimi artar ve gösterge panelinde sürekli uyarı ışıkları yanar.